Агни занимает видное место в основных и второстепенных Упанишадах индуизма. Среди самых ранних упоминаний - легенда о мальчике по имени Сатьякама в главе 4 Чандогья-упанишад (~ 700 г. до н.э.). Его честность приносит ему место в ведической школе (гурукул). Во время учебы мальчик встречает Агни, который затем становится для него примером для подражания. Основное направление философии - познание мировой сущности, а также абстрактного принципа Брахмана, который, как утверждает Упанишада, находится во всем и везде. ][60] Агни также появляется в разделе 1.13 Чандогья Упанишад.[61]

Чандогья-упанишада примечательна своей ритмичной метрической структурой, упоминанием древних культурных элементов, таких как музыкальные инструменты и символы. Ее философские утверждения позже послужили основой для школы Веданты в индуизме. Это один из наиболее цитируемых текстов в более поздних Бхашьях (обзорах и комментариях) учеными из различных школ индуизма. Ади Шанкарачарья, например, 810 раз процитировал Чандогья-упанишады в своей Веданта-сутра-бхашье, больше, чем любой другой древний текст. В стихе 18 Иша-упанишад к Агни обращаются со словами: «О Агни, ты знаешь все пути, веди меня к успеху добрым путем, удержи меня от неправильного пути греха». [d] В разделах 4.5–6 Майтри-упанишады ученики спрашивают своего ведического гуру (учителя) о том, какой бог является лучшим среди богов, которых они называют, и в этот список входит Агни. Гуру отвечает, что все они высшие, все лишь формы Брахмана, весь мир есть Брахман. Итак, выберите любого, предлагает Упанишада, медитируйте и почитайте его, также вспоминайте в медитациях всех, соедините индивидуальности каждого из этих богов, включая Агни, и таким образом отправляйтесь во вселенское, для общения с Пурушей, Атманом.[67][68]

Разделы 3 и 4 Кена Упанишад, еще одной крупной древней Упанишады, представляют собой аллегорическую историю, в которую входят боги Агни, Вайю, Индра и богиня Ума. После битвы между добрыми богами и злыми демонами, где Брахман помогает добру одержать победу, боги задаются вопросом: «Что это за Брахман, чудесное существо?» Агни идет первым, чтобы узнать, но терпит неудачу. Ваю тоже терпит неудачу.[69] Затем Индра пытается сделать то же самое, но встречает богиню, которая уже понимает сущность Брахмана. Она объясняет, природу Брахмана и как добро достигло победы благодаря Брахману. Индра делится этим знанием с Агни и Ваю. Кена-упанишада завершает эти разделы, заявляя, что «Агни, Ваю и Индра» почитаются в первую очередь, потому что они были первыми среди богов, осознавших Брахмана. Аллегорическая легенда, как утверждает Пауль Деуссен, направлена на то, чтобы показать, что все ведические боги и природные явления имеют свою основу в вневременном универсальном монотеистическом принципе, называемом Брахманом.
В другом древнем крупном индуистском писании под названием Прашна Упанишада Агни упоминается во второй Прашне (раздел вопросов) [72]. В разделе говорится, что Агни и другие божества проявляются как пять материальных составляющих, которые объединяются, чтобы создать всю вселенную, и что все божества персонализируются в образе живого тела с Агни, символизирующим глаз. Агни упоминается во многих второстепенных упанишадах, таких как Пранагнихотра-упанишада, Йогататтва-упанишада, Йогашиха-упанишада, Тришихибрахмана-упанишада и других.[75] В синкретическом и монистическом тексте шиваизма, а именно в Рудрахридая-упанишаде, говорится, что Рудра такой же, как Агни, а Ума такой же, как Сваха. В Мундака-упанишаде (2.4) семь языков Агни упоминаются как кали, карали, маноджава, сулохита, судхамраварна, спхулингини и вишваручи.[78]